本件解決いたしました。
結論から書くと、LinuxのPostgreSQLのis_two_factor_authentication_enabledがtext型、WindowsのPostgreSQLのis_two_factor_authentication_enabledがboolean型にしてしまっていました。

どうしてこうなったのかというと人為ミスです。
WindowsのPostgreSQLの定義をダンプして、Docker環境のPostgreSQLに流し込む…ということをしているのですが、Docker環境のPostgreSQLに一世代前のWindowsのPostgreSQLの定義を流し込んでおり、不一致が発生していました。


TypeORMでPostgreSQLのboolean型の列からデータを取得する場合、WindowsのPostgreSQLから取得した場合とLinuxのPostgreSQLで型が違いました。

擬似コードは以下のとおりです。
[Usersテーブルの定義抜粋] 
@Entity()
export class Users {
  @Column({ type: "boolean", default: false })
  @Exclude()
  is_two_factor_authentication_enabled: boolean;
[確認コード抜粋] 
let usersRepository: Repository;
usersRepository = getRepository(Users);

    const userDataFromDB = await usersRepository.findOne({
      where: {
        id: testUserId,
      },
    });
    console.log(typeof userDataFromDB.is_two_factor_authentication_enabled);
[出力]
接続先がWindowsで動かしているのPostgreSQLの場合 
  ● Console

    console.log
      boolean
接続先がLinuxで動かしているのPostgreSQLの場合 
  ● Console

    console.log
      string
なぜ違うのでしょうか…booleanで返ってきて欲しい…