あるマシンにすでにpgpoolが動いている状態で新しいVerのpgpoolをいれて設定して、新しいpgpoolに切り替えたい…そして何か不具合があったら切り戻したいという場合に、一つのマシンにpgpoolを複数動かしたいです。

pgpoolをソースからインストールするとデフォルトでは
/usr/local
配下にインストールされます。
具体的には、/usr/local/binには実行ファイルが、/usr/local/etcには設定ファイルが、インストールされます。

./configureするときに、--prefixのオプションをつけると、そのディレクトリ配下にpgpoolをインストールすることができます。
例えば
./configure --prefix=/usr/local/test --with-pgsql=/usr/pgsql-9.3/
のようにすると、
/usr/local/test
配下にインストールされます。
具体的には、/usr/local/test/binには実行ファイルが、/usr/local/test/etcには設定ファイルが、インストールされます。

あとは、/usr/local/test/etc配下の設定ファイルを書き換えて、
/usr/local/test/bin/pgpool
とすれば、pgpoolがもう一個起動されます。

※ソースからインストールするソフトの場合、上記のようにインストールするディレクトリを指定できる場合は、指定した方が、インストールしたソフトをアンインストールしたい場合に便利だと思いました。/usr/local/testを消せば全部消えてくれますので…