ErogameScapeはLinuxのソフトウェアRAID1でHDDを冗長化しています。
ソフトウェアRAID1を採用してはじめてHDDが壊れましたので、その復旧手順をメモしておきます。

ErogameScapeではHDDが壊れてもメールする…という仕組みを設定してなくて、Muninのグラフを見て「あ、壊れた」と判断します。
ちなみに壊れたことにまったく気がついていなくて、気がついたときには5日くらい経っていました…
HDDが壊れたときのMUninのグラフを以下に示します。

無題
いつもは100%ですが、1つ壊れると50%になります。

/proc/mdstatの出力は以下のようになりました。
[ap2@erogamescape13 ~]$ cat /proc/mdstat
Personalities : [raid1]
md0 : active raid1 sdf1[1](F) sde1[0]
      1060244 blocks super 1.0 [2/1] [U_]
      bitmap: 0/1 pages [0KB], 65536KB chunk

md1 : active raid1 sdf3[1](F) sde3[0]
      942138801 blocks super 1.1 [2/1] [U_]
      bitmap: 7/8 pages [28KB], 65536KB chunk

unused devices: 
正常時は以下の通りです。
[ap2@erogamescape13 ~]$ cat /proc/mdstat
Personalities : [raid1]
md0 : active raid1 sde1[0] sdf1[2]
      1060244 blocks super 1.0 [2/2] [UU]
      bitmap: 0/1 pages [0KB], 65536KB chunk

md1 : active raid1 sdf3[2] sde3[0]
      942138801 blocks super 1.1 [2/2] [UU]
      bitmap: 2/8 pages [8KB], 65536KB chunk

unused devices: 
/dev/sdfが壊れているので、/dev/sdfをRAIDから切り離します。
[root@erogamescape13 ap2]# mdadm /dev/md0 -r /dev/sdf1
mdadm: hot removed /dev/sdf1 from /dev/md0
[root@erogamescape13 ap2]# mdadm /dev/md1 -r /dev/sdf3
mdadm: hot removed /dev/sdf3 from /dev/md1
[root@erogamescape13 ap2]# cat /proc/mdstat
Personalities : [raid1]
md0 : active raid1 sde1[0]
      1060244 blocks super 1.0 [2/1] [U_]
      bitmap: 0/1 pages [0KB], 65536KB chunk

md1 : active raid1 sde3[0]
      942138801 blocks super 1.1 [2/1] [U_]
      bitmap: 7/8 pages [28KB], 65536KB chunk
/proc/mdstatから/dev/sdfがいなくなりました。
/dev/sdfを交換します。

※HDDを交換するとき、今回で言うとどのHDDが/dev/sdfなのかが、ぱっと見分からないです…
 同じHDDを積んでいないのでHDD本体を見れば「こっちか」と分かるのですが、外さないと型番が見にくいです。
 何かいい方法はないでしょうか、おそらくあると思うのですが…

交換が終わりましたら、/dev/sdeと同じようにfdiskで領域を確保します。
/dev/sdfの領域は以下のようになっています。
[root@erogamescape13 ap2]# fdisk -l /dev/sde

ディスク /dev/sde: 1000.2 GB, 1000204886016 バイト
ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 121601
Units = シリンダ数 of 16065 * 512 = 8225280 バイト
セクタサイズ (論理 / 物理): 512 バイト / 512 バイト
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
ディスク識別子: 0x000b174e

デバイス ブート      始点        終点     ブロック   Id  システム
/dev/sde1   *           1         132     1060258+  fd  Linux raid 自動検出
/dev/sde2             133        4310    33559785   82  Linux スワップ / Solaris
/dev/sde3            4311      121601   942139957+  fd  Linux raid 自動検出

[root@erogamescape13 ap2]# fdisk /dev/sdf
デバイスは正常な DOS 領域テーブルも、Sun, SGI や OSF ディスクラベルも
含んでいません
新たに DOS ディスクラベルをディスク識別子 0x1fd65b05 で作成します。
あなたが書き込みを決定するまで、変更はメモリ内だけに残します。
その後はもちろん以前の内容は修復不可能になります。
警告: 領域テーブル 4 の不正なフラグ 0x0000 は w(書き込み)によって
正常になります

The device presents a logical sector size that is smaller than
the physical sector size. Aligning to a physical sector (or optimal
I/O) size boundary is recommended, or performance may be impacted.

警告: DOS互換モードは廃止予定です。このモード (コマンド 'c') を止めることを
      強く推奨します。 and change display units to
         sectors (command 'u').

コマンド (m でヘルプ): m
コマンドの動作
   a   ブート可能フラグをつける
   b   bsd ディスクラベルを編集する
   c   dos 互換フラグをつける
   d   領域を削除する
   l   既知の領域タイプをリスト表示する
   m   このメニューを表示する
   n   新たに領域を作成する
   o   新たに空の DOS 領域テーブルを作成する
   p   領域テーブルを表示する
   q   変更を保存せずに終了する
   s   空の Sun ディスクラベルを作成する
   t   領域のシステム ID を変更する
   u   表示/項目ユニットを変更する
   v   領域テーブルを照合する
   w   テーブルをディスクに書き込み、終了する
   x   特別な機能 (エキスパート専用)

コマンド (m でヘルプ): n
コマンドアクション
   e   拡張
   p   基本パーティション (1-4)
p
パーティション番号 (1-4): 1
最初 シリンダ (1-121601, 初期値 1):
初期値 1 を使います
Last シリンダ, +シリンダ数 or +size{K,M,G} (1-121601, 初期値 121601): +1G

コマンド (m でヘルプ): p

ディスク /dev/sdf: 1000.2 GB, 1000204886016 バイト
ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 121601
Units = シリンダ数 of 16065 * 512 = 8225280 バイト
セクタサイズ (論理 / 物理): 512 バイト / 4096 バイト
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
ディスク識別子: 0x1fd65b05

デバイス ブート      始点        終点     ブロック   Id  システム
/dev/sdf1               1         132     1060256+  83  Linux
パーティション 1 は、シリンダ境界で終わっていません。
Partition 1 does not start on physical sector boundary.

コマンド (m でヘルプ): a
パーティション番号 (1-4): 2
警告: 領域 2 は空のタイプです。

コマンド (m でヘルプ): n
コマンドアクション
   e   拡張
   p   基本パーティション (1-4)
p
パーティション番号 (1-4): 2
最初 シリンダ (132-121601, 初期値 132):
初期値 132 を使います
Last シリンダ, +シリンダ数 or +size{K,M,G} (132-121601, 初期値 121601): +32G

コマンド (m でヘルプ): p

ディスク /dev/sdf: 1000.2 GB, 1000204886016 バイト
ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 121601
Units = シリンダ数 of 16065 * 512 = 8225280 バイト
セクタサイズ (論理 / 物理): 512 バイト / 4096 バイト
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
ディスク識別子: 0x1fd65b05

デバイス ブート      始点        終点     ブロック   Id  システム
/dev/sdf1               1         132     1060256+  83  Linux
パーティション 1 は、シリンダ境界で終わっていません。
Partition 1 does not start on physical sector boundary.
/dev/sdf2             132        4310    33551756   83  Linux

コマンド (m でヘルプ): n
コマンドアクション
   e   拡張
   p   基本パーティション (1-4)
p
パーティション番号 (1-4): 3
最初 シリンダ (4310-121601, 初期値 4310):
初期値 4310 を使います
Last シリンダ, +シリンダ数 or +size{K,M,G} (4310-121601, 初期値 121601):
初期値 121601 を使います

コマンド (m でヘルプ): p

ディスク /dev/sdf: 1000.2 GB, 1000204886016 バイト
ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 121601
Units = シリンダ数 of 16065 * 512 = 8225280 バイト
セクタサイズ (論理 / 物理): 512 バイト / 4096 バイト
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
ディスク識別子: 0x1fd65b05

デバイス ブート      始点        終点     ブロック   Id  システム
/dev/sdf1               1         132     1060256+  83  Linux
パーティション 1 は、シリンダ境界で終わっていません。
Partition 1 does not start on physical sector boundary.
/dev/sdf2             132        4310    33551756   83  Linux
/dev/sdf3            4310      121601   942147988+  83  Linux

コマンド (m でヘルプ): m
コマンドの動作
   a   ブート可能フラグをつける
   b   bsd ディスクラベルを編集する
   c   dos 互換フラグをつける
   d   領域を削除する
   l   既知の領域タイプをリスト表示する
   m   このメニューを表示する
   n   新たに領域を作成する
   o   新たに空の DOS 領域テーブルを作成する
   p   領域テーブルを表示する
   q   変更を保存せずに終了する
   s   空の Sun ディスクラベルを作成する
   t   領域のシステム ID を変更する
   u   表示/項目ユニットを変更する
   v   領域テーブルを照合する
   w   テーブルをディスクに書き込み、終了する
   x   特別な機能 (エキスパート専用)

コマンド (m でヘルプ): t
パーティション番号 (1-4): 1
16進数コード (L コマンドでコードリスト表示): fd
領域のシステムタイプを 1 から fd (Linux raid 自動検出) に変更しました

コマンド (m でヘルプ): t
パーティション番号 (1-4): 2
16進数コード (L コマンドでコードリスト表示): 82
領域のシステムタイプを 2 から 82 (Linux スワップ / Solaris) に変更しました

コマンド (m でヘルプ): t
パーティション番号 (1-4): 3
16進数コード (L コマンドでコードリスト表示): fd
領域のシステムタイプを 3 から fd (Linux raid 自動検出) に変更しました

コマンド (m でヘルプ): p

ディスク /dev/sdf: 1000.2 GB, 1000204886016 バイト
ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 121601
Units = シリンダ数 of 16065 * 512 = 8225280 バイト
セクタサイズ (論理 / 物理): 512 バイト / 4096 バイト
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
ディスク識別子: 0x1fd65b05

デバイス ブート      始点        終点     ブロック   Id  システム
/dev/sdf1               1         132     1060256+  fd  Linux raid 自動検出
パーティション 1 は、シリンダ境界で終わっていません。
Partition 1 does not start on physical sector boundary.
/dev/sdf2             132        4310    33551756   82  Linux スワップ / Solaris
/dev/sdf3            4310      121601   942147988+  fd  Linux raid 自動検出

コマンド (m でヘルプ): w
パーティションテーブルは変更されました!

ioctl() を呼び出してパーティションテーブルを再読込みします。
ディスクを同期しています。
[root@erogamescape13 ap2]#
[root@erogamescape13 ap2]#
[root@erogamescape13 ap2]# fdisk /dev/sdf

The device presents a logical sector size that is smaller than
the physical sector size. Aligning to a physical sector (or optimal
I/O) size boundary is recommended, or performance may be impacted.

警告: DOS互換モードは廃止予定です。このモード (コマンド 'c') を止めることを
      強く推奨します。 and change display units to
         sectors (command 'u').

コマンド (m でヘルプ): a
パーティション番号 (1-4): 1

コマンド (m でヘルプ): p

ディスク /dev/sdf: 1000.2 GB, 1000204886016 バイト
ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 121601
Units = シリンダ数 of 16065 * 512 = 8225280 バイト
セクタサイズ (論理 / 物理): 512 バイト / 4096 バイト
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
ディスク識別子: 0x1fd65b05

デバイス ブート      始点        終点     ブロック   Id  システム
/dev/sdf1   *           1         132     1060256+  fd  Linux raid 自動検出
パーティション 1 は、シリンダ境界で終わっていません。
Partition 1 does not start on physical sector boundary.
/dev/sdf2             132        4310    33551756   82  Linux スワップ / Solaris
/dev/sdf3            4310      121601   942147988+  fd  Linux raid 自動検出

コマンド (m でヘルプ): w
パーティションテーブルは変更されました!


ioctl() を呼び出してパーティションテーブルを再読込みします。
ディスクを同期しています。
/dev/sdfをRAIDに組み込みます。
[root@erogamescape13 ap2]# mdadm /dev/md0 --add /dev/sdf1
mdadm: added /dev/sdf1
[root@erogamescape13 ap2]# mdadm /dev/md1 --add /dev/sdf3
mdadm: added /dev/sdf3
組み込むとRebuildがはじまります。
/dev/md0は1Gしかないのであっという間に終わりますが、/dev/md1は相当時間がかかります。
[root@erogamescape13 ap2]# mdadm --detail /dev/md0
/dev/md0:
        Version : 1.0
  Creation Time : Thu Jul 28 04:17:57 2011
     Raid Level : raid1
     Array Size : 1060244 (1035.57 MiB 1085.69 MB)
  Used Dev Size : 1060244 (1035.57 MiB 1085.69 MB)
   Raid Devices : 2
  Total Devices : 2
    Persistence : Superblock is persistent

  Intent Bitmap : Internal

    Update Time : Tue Jun 24 23:21:19 2014
          State : active
 Active Devices : 2
Working Devices : 2
 Failed Devices : 0
  Spare Devices : 0

           Name : localhost.localdomain:0
           UUID : 02707424:61b2b644:717d3829:948376d3
         Events : 223

    Number   Major   Minor   RaidDevice State
       0       8       65        0      active sync   /dev/sde1
       2       8       81        1      active sync   /dev/sdf1
[root@erogamescape13 ap2]# mdadm --detail /dev/md1
/dev/md1:
        Version : 1.1
  Creation Time : Thu Jul 28 04:17:59 2011
     Raid Level : raid1
     Array Size : 942138801 (898.49 GiB 964.75 GB)
  Used Dev Size : 942138801 (898.49 GiB 964.75 GB)
   Raid Devices : 2
  Total Devices : 2
    Persistence : Superblock is persistent

  Intent Bitmap : Internal

    Update Time : Tue Jun 24 23:21:51 2014
          State : active, degraded, recovering
 Active Devices : 1
Working Devices : 2
 Failed Devices : 0
  Spare Devices : 1

 Rebuild Status : 0% complete

           Name : localhost.localdomain:1
           UUID : e1c4e9e4:ed5a8be1:2e5318e8:3fc28250
         Events : 1335745

    Number   Major   Minor   RaidDevice State
       0       8       67        0      active sync   /dev/sde3
       2       8       83        1      spare rebuilding   /dev/sdf3
[root@erogamescape13 ap2]# cat /proc/mdstat
Personalities : [raid1]
md0 : active raid1 sdf1[2] sde1[0]
      1060244 blocks super 1.0 [2/2] [UU]
      bitmap: 0/1 pages [0KB], 65536KB chunk

md1 : active raid1 sdf3[2] sde3[0]
      942138801 blocks super 1.1 [2/1] [U_]
      [>....................]  recovery =  0.3% (3171840/942138801) finish=218.2min speed=71696K/sec
      bitmap: 7/8 pages [28KB], 65536KB chunk

unused devices: 
/dev/sdfから起動できるようにgrubを書き込んでおきます。
/dev/sdfがhd0なのかhd1なのか分からないので(いや…分かる方法はあると思うのですが…)、とりあえずhd0にもhd1にも書き込んでおればいいかーということで、両方にgrubを書き込んでおきます。
Rebuild中でも大丈夫です。
[root@erogamescape13 ap2]# grub
Probing devices to guess BIOS drives. This may take a long time.


    GNU GRUB  version 0.97  (640K lower / 3072K upper memory)

 [ Minimal BASH-like line editing is supported.  For the first word, TAB
   lists possible command completions.  Anywhere else TAB lists the possible
   completions of a device/filename.]
grub> root(hd0,0)
root(hd0,0)

Error 2: Unrecognized command
grub> root (hd0,0)
root (hd0,0)
 Filesystem type is ext2fs, partition type 0xfd
grub> setup (hd0)
setup (hd0)
 Checking if "/boot/grub/stage1" exists... no
 Checking if "/grub/stage1" exists... yes
 Checking if "/grub/stage2" exists... yes
 Checking if "/grub/e2fs_stage1_5" exists... yes
 Running "embed /grub/e2fs_stage1_5 (hd0)"...  26 sectors are embedded.
succeeded
 Running "install /grub/stage1 (hd0) (hd0)1+26 p (hd0,0)/grub/stage2 /grub/grub.conf"... succeeded
Done.
grub> root (hd1,0)
root (hd1,0)
 Filesystem type is ext2fs, partition type 0xfd
grub> setup (hd1)
setup (hd1)
 Checking if "/boot/grub/stage1" exists... no
 Checking if "/grub/stage1" exists... yes
 Checking if "/grub/stage2" exists... yes
 Checking if "/grub/e2fs_stage1_5" exists... yes
 Running "embed /grub/e2fs_stage1_5 (hd1)"...  26 sectors are embedded.
succeeded
 Running "install /grub/stage1 (hd1) (hd1)1+26 p (hd1,0)/grub/stage2 /grub/grub.conf"... succeeded
Done.
grub> quit
quit
以上で作業は完了です。

HDDが毎日とか週単位で壊れる環境だったら問題ないですが、個人でRAIDを使っているレベルだとごく稀にしか壊れないため、実際に壊れた場合に「さて、どうするんだっけ?」となると思います。
RAIDを組む際には、組んだ際に壊れたときの対処方法を何回か練習しておくべきだと思っています。
実際に壊すことはできないので、SATAのケーブルを抜いてみるとかそういう感じになってしまいますが…